Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms