Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LHX3Q9UBR4 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms