Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS39Q96JC1 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.3 ms