Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
NPHP3Q7Z494 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
NPHP3Q7Z494 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
NPHP3Q7Z494 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
NPHP3Q7Z494 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
NPHP3Q7Z494 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
NPHP3Q7Z494 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NPHP3Q7Z494 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms