Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
IFT88Q13099 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms