Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL5A3P25940 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL5A3P25940 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms