Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms