Protein–RNA interactions for Protein: Q92994

BRF1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, humanhuman

Predictions only

Length 677 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRF1Q92994 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRF1Q92994 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms