Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms