Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL6A1P12109 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL6A1P12109 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms