Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMC4Q9NTJ3 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms