Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LMO4P61968 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LMO4P61968 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
LMO4P61968 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
LMO4P61968 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms