Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL18A1P39060 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms