Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
MSX1P28360 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
MSX1P28360 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
MSX1P28360 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
MSX1P28360 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AC079416.2-201ENST00000625035 1193 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
MSX1P28360 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
MSX1P28360 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
MSX1P28360 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
MSX1P28360 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
MSX1P28360 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
MSX1P28360 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
MSX1P28360 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
MSX1P28360 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
MSX1P28360 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
MSX1P28360 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms