Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS4AQ9UN37 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.2 ms