Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC15.04■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
RPUSD4Q96CM3 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms