Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN4AP35499 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms