Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
SDC1P18827 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SDC1P18827 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SDC1P18827 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SDC1P18827 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms