Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
COL3A1P02461 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms