Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms