Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
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