Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.8 ms