Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC15.07■□□□□ 0
RPUSD4Q96CM3 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms