Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SKA3Q8IX90 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms