Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
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