Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.3 ms