Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
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