Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCA1P28370 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms