Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms