Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms