Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
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