Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
ZNF541Q9H0D2 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF541Q9H0D2 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF541Q9H0D2 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF541Q9H0D2 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF541Q9H0D2 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF541Q9H0D2 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF541Q9H0D2 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
ZNF541Q9H0D2 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms