Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP54Q70EL1 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms