Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA3O43365 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA3O43365 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms