Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS4AQ9UN37 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS4AQ9UN37 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS4AQ9UN37 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms