Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC31.1■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC31.1■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC31.09■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC31.08■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
SCN9AQ15858 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC31.07■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC31.06■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC31.05■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC31.05■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.56
SCN9AQ15858 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
SCN9AQ15858 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC30.94■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.93■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC30.92■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
SCN9AQ15858 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.88■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC30.87■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC30.86■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC30.85■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC30.83■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC30.83■■■□□ 2.53
SCN9AQ15858 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.1 ms