Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC008278.2-201ENST00000438178 409 ntTSL 3 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RPS11P1-201ENST00000451072 473 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MTND4LP30-201ENST00000454092 297 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU7-169P-201ENST00000459456 61 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RN7SL329P-201ENST00000467740 299 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RN7SL188P-201ENST00000469842 285 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RN7SL826P-201ENST00000479724 288 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC012158.1-204ENST00000483430 465 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RPS27AP13-201ENST00000498403 237 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 HMGB1P35-201ENST00000503360 598 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC004052.1-202ENST00000505680 516 ntTSL 3 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MTND3P25-201ENST00000509243 135 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 LINC00992-202ENST00000514186 564 ntTSL 5 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 Y_RNA.673-201ENST00000516306 88 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-941P-201ENST00000516346 108 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 IGKV2D-23-201ENST00000518179 286 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 HMGB1P40-201ENST00000525121 540 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC022039.1-201ENST00000527110 488 ntTSL 2 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC137627.1-201ENST00000545761 289 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 NKAIN2-205ENST00000546092 148 ntTSL 5 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 HMGN2P6-201ENST00000551091 273 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC092138.1-201ENST00000568659 472 ntTSL 2 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RN7SL652P-201ENST00000577769 300 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RAC1P9-201ENST00000604990 392 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL160281.1-201ENST00000605307 311 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL591516.1-201ENST00000611326 274 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 PACRG-210ENST00000611387 279 ntTSL 5 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 ATG5-207ENST00000613993 733 ntTSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC118658.2-201ENST00000618697 459 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MYBPC1-203ENST00000392934 3644 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SLC4A7-206ENST00000428386 7385 ntTSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 IRF5P1-201ENST00000504852 2164 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 IKZF2-201ENST00000342002 3747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 PHKBP1-201ENST00000450951 1951 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RAB30-212ENST00000533486 9929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 FGF1-215ENST00000619447 3818 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 GABRA2-202ENST00000381620 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MYBPC1-221ENST00000551300 3934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
USP4Q13107 GAPVD1-206ENST00000394104 6737 ntTSL 2 BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 APAF1-208ENST00000549007 3492 ntTSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RAPGEF4-213ENST00000535187 3707 ntTSL 2 BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MTND5P6-201ENST00000422338 1798 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNY1P16-201ENST00000363063 111 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RN7SKP145-201ENST00000363291 303 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 Y_RNA.117-201ENST00000363294 101 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-770P-201ENST00000363929 105 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 CRP-202ENST00000368110 667 ntTSL 3 BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 C1orf54-202ENST00000369099 600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AKAP14-204ENST00000371431 977 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 CLDN10-202ENST00000376855 701 ntTSL 2 BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SNORA67-201ENST00000384423 137 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-817P-201ENST00000391083 104 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 DEFB116-201ENST00000400549 309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL133388.1-201ENST00000404509 287 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MIR1250-201ENST00000408098 113 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNA5SP296-201ENST00000410523 111 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RN7SKP213-201ENST00000410746 298 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL030996.1-201ENST00000411430 235 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 TRAPPC2P10-201ENST00000415662 323 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 PPP1R11P2-201ENST00000423543 382 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 USP12-AS1-201ENST00000440657 268 ntTSL 5 BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RN7SL189P-201ENST00000468631 289 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RPS23P1-201ENST00000491662 432 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RPS17P5-201ENST00000498293 408 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 SNORA40.15-201ENST00000516884 107 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU7-4P-201ENST00000516961 62 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RN7SKP258-201ENST00000517151 304 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC092120.1-201ENST00000562211 420 ntTSL 3 BASIC5.66□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 AC142086.4-201ENST00000568904 650 ntTSL 3 BASIC5.66□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 SDR42E1P2-201ENST00000614861 481 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 AC068870.2-201ENST00000620635 389 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 LINC01002-236ENST00000634022 378 ntTSL 5 BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 PTPRD-205ENST00000397611 8242 ntTSL 5 BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 PTPRD-213ENST00000537002 8224 ntTSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 ETV1-208ENST00000420159 6231 ntTSL 2 BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 FNIP1-202ENST00000307968 6388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 FOXN2-201ENST00000340553 5408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 TCF4-281ENST00000636822 7640 ntTSL 5 BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 C5-201ENST00000223642 5465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 ST8SIA4-201ENST00000231461 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 PLEKHA1-203ENST00000368990 14010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
USP4Q13107 CLCA1-202ENST00000394711 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 CLVS1-201ENST00000325897 3486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 LRRC6-212ENST00000618342 1754 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC083843.2-201ENST00000568248 6253 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RRP15-201ENST00000366932 7771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SAMSN1-203ENST00000400566 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 NSD1-204ENST00000439151 12892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 TRPM6-203ENST00000361255 8271 ntTSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SPRR2D-201ENST00000360379 682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU1-146P-201ENST00000364015 165 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-1093P-201ENST00000391194 107 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 EFCAB9-201ENST00000398186 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AFDN-AS1-202ENST00000417244 182 ntTSL 2 BASIC5.65□□□□□ -1.5
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