Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms