Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC3Q9BQI4 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms