Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms