Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM28Q13263 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
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