Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AC023590.1-204ENST00000434023 431 ntTSL 5 BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 LINC01967-202ENST00000437506 515 ntTSL 5 BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AL645638.1-201ENST00000440519 361 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AL442647.1-201ENST00000449485 481 ntTSL 5 BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 RC3H2-207ENST00000471874 749 ntTSL 1 (best) BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC119751.4-201ENST00000507498 357 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 FABP5P12-201ENST00000515543 389 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC023796.1-201ENST00000536131 670 ntTSL 3 BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AP000462.3-201ENST00000545593 330 ntTSL 5 BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC087286.1-201ENST00000560712 568 ntTSL 3 BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC079148.1-201ENST00000565944 819 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC126365.2-201ENST00000580630 379 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC024610.1-201ENST00000582685 323 ntTSL 3 BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC016877.3-201ENST00000606778 504 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AF230666.1-202ENST00000608375 870 ntTSL 5 BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AL049777.1-201ENST00000622740 518 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC097460.3-201ENST00000623099 442 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC090617.9-201ENST00000623751 147 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC048347.1-201ENST00000624621 427 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AP003485.1-201ENST00000625093 753 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC083865.1-201ENST00000636634 831 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC241585.2-209ENST00000638217 143 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 FASTKD1-205ENST00000453929 2791 ntTSL 2 BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 XRN1-202ENST00000392981 5383 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 USP15-203ENST00000353364 14950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.98□□□□□ -1.93
SHHQ15465 CLOCK-201ENST00000309964 10304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 LTN1-201ENST00000361371 7685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 RPL39-201ENST00000361575 401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 RNU6-792P-201ENST00000363490 107 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 SNORD114-30-201ENST00000364448 72 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 RNU6-805P-201ENST00000365643 106 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 BTBD10P2-201ENST00000404779 676 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 ARHGAP15-202ENST00000409869 2968 ntTSL 5 BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 RNU4-53P-201ENST00000410828 140 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 XKRYP4-201ENST00000414395 483 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC005165.1-203ENST00000423689 1281 ntTSL 3 BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 LINC01799-202ENST00000426260 625 ntTSL 3 BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 UBE2D3P3-201ENST00000426992 425 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC025947.1-201ENST00000447943 299 ntTSL 5 BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 XKRYP5-201ENST00000449659 483 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 GAS5-221ENST00000450589 632 ntTSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC021146.5-201ENST00000503544 545 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC096576.3-201ENST00000505528 721 ntTSL 5 BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 SCOC-206ENST00000506322 687 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC027338.1-201ENST00000514840 825 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 RNU4ATAC3P-201ENST00000516699 126 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 RNU6-334P-201ENST00000517072 102 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC104115.2-201ENST00000523026 687 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 MYL12A-202ENST00000536605 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC011602.1-201ENST00000546484 331 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC087897.2-201ENST00000552639 678 ntTSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC007954.1-201ENST00000554198 494 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 ALDH3A2-208ENST00000571163 590 ntTSL 5 BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 MYL12A-209ENST00000580887 899 ntTSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 BNIP3P27-201ENST00000599991 412 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AL365400.2-201ENST00000605604 902 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 LINC02098-202ENST00000609260 554 ntTSL 3 BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AP001033.2-201ENST00000609701 1003 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 C1orf185-204ENST00000612209 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC016597.2-201ENST00000613256 341 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC008147.4-201ENST00000617570 1204 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AC073476.4-201ENST00000628409 72 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 PABPC1P7-201ENST00000413177 1513 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 ZNF415-207ENST00000595193 2479 ntTSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 RXFP1-201ENST00000307765 3842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
SHHQ15465 MTND4P9-201ENST00000507819 1346 ntBASIC2.96□□□□□ -1.93
SHHQ15465 AP003122.5-201ENST00000527668 3766 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 MAPK10-362ENST00000641864 4484 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 C11orf40-201ENST00000307616 654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 OR5T2-201ENST00000313264 1248 ntAPPRIS P2 BASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 SNORA51.12-201ENST00000384448 134 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 RNU6-1005P-201ENST00000384519 107 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 RNU6-925P-201ENST00000384629 104 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 MIR512-1-201ENST00000384913 84 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 ATP5F1P6-201ENST00000402768 767 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 RNA5SP425-201ENST00000410336 112 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 RNA5SP274-201ENST00000410484 108 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 RPL31P2-201ENST00000413849 377 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 FO393414.1-201ENST00000428697 1184 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 OR51AB1P-201ENST00000429046 620 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AL139415.2-201ENST00000431968 163 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 DIAPH3-AS1-203ENST00000435636 467 ntTSL 2 BASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 HMGB1P45-201ENST00000435986 653 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AL606534.3-201ENST00000437499 373 ntTSL 5 BASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AC010401.1-201ENST00000463867 348 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 RPL7P5-201ENST00000471472 736 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AC117522.3-201ENST00000507974 584 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AC010468.3-201ENST00000508225 458 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 KLHL2P1-201ENST00000508691 521 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 RFESD-208ENST00000513950 464 ntTSL 5 BASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 LINC02358-201ENST00000514413 465 ntTSL 5 BASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AC103833.1-201ENST00000517442 172 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AP001636.2-201ENST00000525517 696 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 C14orf105-204ENST00000526336 598 ntTSL 4 BASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AP002812.3-201ENST00000527012 551 ntTSL 5 BASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AC104009.1-203ENST00000531304 571 ntTSL 4 BASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AC078778.1-201ENST00000547177 735 ntTSL 3 BASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AL442163.2-201ENST00000553912 710 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 AC233266.2-201ENST00000567067 528 ntBASIC2.96□□□□□ -1.94
SHHQ15465 TMEM87A-212ENST00000568432 750 ntTSL 3 BASIC2.96□□□□□ -1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.2 ms