Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CLIP3Q96DZ5 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CLIP3Q96DZ5 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CLIP3Q96DZ5 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CLIP3Q96DZ5 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CLIP3Q96DZ5 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CLIP3Q96DZ5 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CLIP3Q96DZ5 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CLIP3Q96DZ5 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CLIP3Q96DZ5 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CLIP3Q96DZ5 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CLIP3Q96DZ5 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms