Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USF3Q68DE3 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms