Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms