Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LIM2P55344 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIM2P55344 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIM2P55344 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIM2P55344 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIM2P55344 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIM2P55344 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms