Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SDC1P18827 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SDC1P18827 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SDC1P18827 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
SDC1P18827 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms