Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP4Q13107 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP4Q13107 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP4Q13107 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
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