Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms