Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms